MouseLand/suite2p

解決的問題

Suite2p 是一個用於處理雙光子鈣成像資料的流程。它能自動從大規模成像記錄中提取神經活動，使研究人員能夠識別並追蹤大腦中單個神經元（ROIs）的活動。

工作原理

該軟體透過一系列模組處理原始成像資料：

• 註冊：對齊成像幀以修正運動造成的偏差。
• ROI 檢測：在資料中識別感興趣區域（神經元）。
• 訊號提取：從識別出的 ROI 中提取螢光訊號。
• 訊號提取：從識別出的 ROI 中提取螢光訊號。
• ROI 分類：使用分類器區分實際細胞與雜訊/偽影。
• 尖峰檢測：使用去卷積演算法從螢光訊號中估計神經尖峰。
• 視覺化 GUI：提供圖形化介面以檢視結果、微調 ROI 選取，並可視化群體層級的活動。

適用對象

專為從事雙光子鈣成像資料分析的神經科學家與研究人員設計，以實現大規模神經活動分析。

特色

• 端到端流程：涵蓋從註冊到尖峰檢測的全部步驟。
• 整合式 GUI：允許手動修訂 ROI 並訓練自訂分類器，以適應特定資料統計特性。
• GPU 加速：支援 CUDA，以加快長時間記錄的處理速度。
• 全面輸出：產生螢光訊號、神經膠質訊號與去卷積尖峰訊號。