flatironinstitute/CaImAn

解決的問題

CaImAn 是一個專為大規模鈣成像與電壓成像資料分析設計的 Python 工具箱。它解決了處理高容量螢光顯微鏡資料的挑戰，從雜訊與運動偽影中萃取有意義的生物訊號。

作法原理

此工具箱實作了可擴展的演算法套件來處理影像資料。它支援運動校正以穩定影像，源提取以識別神經元，脈衝去捲積以估計神經活動，並支援註冊以追蹤不同記錄會話中的神經元。支援單光子與雙光子螢光顯微鏡，並可在離線（後處理）或線上（即時）模式下運作。

適用對象

需要處理大規模鈣成像或電壓成像資料集，以識別神經活動模式的神經科學與生物成像研究人員。

主要特色

• 多樣成像支援：相容單光子與雙光子螢光顯微鏡資料。
• 可擴展演算法：提供快速的運動校正、源提取與脈衝去捲積方法。
• 即時處理能力：支援線上分析模式（例如 OnACID），適用於即時實驗。
• 多會話追蹤：包含跨多個成像會話註冊神經元的工具。
• 完整的示範範例：提供涵蓋從 3D 體積成像到樹突分析等各種應用情境的 Jupyter 筆記本。