synthetic-sciences/openscience

The open-source AI workbench for scientific research

OpenScience – AI 驱动的研究工作台

简介

  • 这是一个桌面、网页或命令行应用程序,让您能以简单的英文描述科学任务。内置的研究代理程序会规划工作、搜索文献、编写并运行代码(Python、R、shell)、在本地或远程计算资源上执行实验,最后生成报告。每个步骤都会被记录下来,以便您检查代理程序的具体操作。

主要功能

功能 运作方式
文献回顾 搜索 PubMed、arXiv、ChEMBL、UniProt 等数据库并提供引用证据。
数据分析 读取您的文件、生成清理/可视化脚本、在 Python/R 内核中运行,并保存图表与可重现的代码。
重现实验 针对一个主张,收集先决条件,在您的硬件(或 Slurm/SSH 集群)上运行相同的分析并比较结果。
计算编排 使用本地内核进行快速作业;可分派至 Modal、SSH 主机或 HPC 调度器(Slurm、PBS)。
技能库 超过 200 种预先打包的“技能”——涵盖生物学、化学、物理学、ML、数据工程等程序性知识。用户可透过 TypeScript SDK 新增自定义技能或插件。
模型灵活性 使用您自己的 LLM API 密钥、连接到本地模型(Ollama、LM Studio)或使用托管的“Ace”服务。
权限模型 针对文件读写与网络调用提供细粒度授权;高风险操作需要明确批准。

安装与使用

  • 桌面应用程序 – 下载 macOS、Windows、Linux 安装程序(自动更新)。
  • CLI – npm i -g @synsci/openscience 然后执行 openscience。您也可以透过 npx synsci 或 curl-pipe 安装程序执行。
  • 首次运行示例:
    openscience ~/research/my-project
    # 然后输入自然语言指令,例如
    Inspect data/samples.csv for missing values, save a quality report and plot in results/.
    
  • 像 openscience run "Review the analysis plan" 这样的指令让您可以编写单次动作的脚本。

扩展性

  • 插件与自定义代理程序 – 透过 TypeScript SDK(由 OpenAPI 合约生成)。
  • NVIDIA BioNeMo 适配器 – 十个预先配置的端点(例如 DiffDock、OpenFold),用于蛋白质设计任务,需使用您自己的 NVIDIA API 密钥。
  • 技能创建 – 将新程序新增至技能目录;存储库包含如何贡献的文档。

基准测试

  • 在 Terminal-Bench Science (75.7% 成功率)、BiomniBench-DA (82.2 分) 以及 Terminal-Bench 4.0 的科学子集 (10/14) 上进行评估。基准测试与追踪记录位于独立的 benchmarks-openscience 存储库中。

文档与社区

  • 完整文档请见 openscience.sh/docs,涵盖快速入门、工作流程、权限、自动化(JSON 输出、SDK)与故障排除。
  • 以 Apache 2.0 授权开源;透过 GitHub issues 与 pull requests 接受贡献。

总结 OpenScience 是一个真正的开源 AI 研究助手,结合了 LLM 驱动的规划与真实的科学工具(shell、Python/R、HPC、数据库连接器)。它的目标是自动化科学工作中繁琐且可重现的部分,同时让研究人员保持对解释与判断的控制权。


以上所有信息均直接取自该存储库的 README。

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