steineggerlab/foldseek

何を解決するか

Foldseekは、大規模なタンパク質構造セットの高速かつ感度の高い比較を目的として設計されています。大規模なデータベース（例：AlphaFoldDBやPDB）において、類似構造を数秒で検索・クラスタリングする課題に対処します。

動作方法

Foldseekは構造アライメントアプローチを用いてタンパク質を比較します。デフォルトの局所的3Di+AAアライメント、グローバルなTMalign、局所的なLoLalignなど、複数のアライメントモードをサポートしています。CPUまたはGPUでの加速が可能です。独自の特徴として、予測構造を必要とせずに、言語モデル（ProstT5）を用いてタンパク質配列から直接比較を行う能力があります。

対象ユーザー

このツールは、大規模なタンパク質構造検索、アライメント、クラスタリングを必要とする構造生物学およびバイオインフォマティクスの研究者を主な対象としています。

主な特徴

• 高いパフォーマンス：GPU加速により、検索とクラスタリングを高速化します。
• 多様な入力形式：PDB/mmCIF形式のタンパク質構造、または言語モデルを介したFASTA形式のタンパク質配列を受け入れます。
• 包括的な検索機能：モノマーおよびマルチマーの両方の検索とクラスタリングをサポートします。
• 統合された可視化機能：StrucTTYと呼ばれる組み込みターミナル構造ビューアを備えています。
• 事前構築済みデータベース：AlphaFoldDBやPDBなどの事前生成済みデータベースへの簡単なアクセスを提供します。