rdk/p2rank

何を解決するか

P2Rankは、タンパク質構造上のリガンド結合部位（ポケット）を予測するためのツールです。複雑な特徴計算や既知のタンパク質-リガンドテンプレートデータベースを外部ソフトウェアで必要とせずに、小分子（リガンド）がタンパク質に結合する可能性がある場所を高速かつ正確に特定する方法を提供します。

動作方法

このツールは、既知のタンパク質-リガンド複合体で訓練された機械学習モデルを使用しています。タンパク質の溶媒可及表面（SAS）上の点をスコアリングし、クラスタリングすることで、個々の点の「リガンド結合可能性（ligandability）」を評価します。また、FpocketやDeepSiteなどの他のツールで予測されたポケットを再スコアリングして精度を向上させることも可能です。

対象ユーザー

計算化学、創薬、構造生物学の研究者向けです。X線結晶構造、AlphaFoldモデル、NMR、または電子顕微鏡（cryo-EM）構造から得られたタンパク質の潜在的な結合部位を特定する必要がある方々に適しています。

特徴

• 高い精度: 一部の従来手法よりもトップランクのポケットの識別成功率が高くなっています。
• 広範なフォーマット対応: PDB、mmCIF、BinaryCIFファイルをサポートしており、gzipおよびZstandard圧縮形式も対応しています。
• 専用プロファイル: AlphaFoldモデルやその他のモデル構造向けに特別な設定を提供しており、B因子特徴を無視します。
• 統合的な再スコアリング: さまざまな他のポケット予測ツールの予測結果を再スコアリングできます。
• 可視化機能: PyMOLおよびChimeraX用のスクリプトを生成し、予測されたポケットを視覚化できます。
• エクスポートオプション: ポケットの記述子（幾何学的、形状、電気的）の表形式エクスポートや、3Dポイントグリッドの出力がオプションで可能です。