sokrypton/ColabFold

何を解決するか

ColabFold は、使いやすい Google Colab ノートブックとローカルインストールオプションを提供することで、誰もが高精度なタンパク質構造予測にアクセスできるようにするツールです。巨大なデータベースや高スペックハードウェアの複雑なローカル設定を必要とせず、パブリック MSA（複数配列アラインメント）サーバー、バッチ処理ツール、複数の最先端タンパク質折りたたみモデルのサポートを提供します。

動作方法

ColabFold は、AlphaFold2、AlphaFold3/OpenFold3、ESMFold、RoseTTAFold2 などの複数のタンパク質折りたたみモデルを統合されたワークフローに組み込みます。折りたたみ予測に必要な配列アラインメントを外部 MSA サーバーで生成することで、ローカルのストレージと計算リソースの要件を大幅に削減します。ローカルユーザー向けには、colabfold_batch を用いた構造予測と、MMseqs2 を使用したローカル MSA 生成のための colabfold_search を提供しており、GPU加速検索もサポートしています。

対象ユーザー

巨大なゲノムデータベースや複雑なインフラを管理せずに、タンパク質、モノマー、複合体の3次元構造を予測したい生物学者、生化学者、構造生物学者。

特徴

• マルチモデル対応：AlphaFold2、AlphaFold3、ESMFold、RoseTTAFold2 用のノートブックとツールを提供。
• MSA サーバー：計算コストの高い配列アラインメント処理をパブリックサーバーが処理し、Colab で折りたたみを容易に。
• ローカルインストール：Linux、macOS、Windows（WSL2経由）をサポートし、高スループットのバッチ予測に対応。
• GPU加速：MMseqs2-GPU と融合カーネルを用いた GPU 加速 MSA 検索により、折りたたみ速度を高速化。
• AF3互換性：AlphaFold3 と互換性のある JSON 形式で MSA をエクスポート可能。DNA、RNA、リガンドなどタンパク質以外の分子もサポート。