sokrypton/ColabFold

何を解決するか

ColabFold® は、使いやすい Google Colab ノートブックとコマンドラインインターフェースを提供することで、誰もが高精度なタンパク質折りたたみ予測にアクセスできるように設計されています。AlphaFold2、AlphaFold3、ESMFold などの複雑なモデルを実行するための技術的障壁を低減し、膨大なデータベースと大規模な計算リソースを必要としないようにします。

動作方法

このプロジェクトは、複数のタンパク質構造予測モデルを統合するノートブックとツールのセットを提供します。必要となる配列アラインメントを迅速に生成するために、公開の MSA（複数配列アラインメント）サーバーを利用しており、ユーザーがほぼ1テラバイトのゲノムデータベースをローカルにダウンロード・保存する必要がありません。ローカルインストールの場合、colabfold_batch と colabfold_search を提供し、MMseqs2-GPU を通じた GPU 加速をサポートしています。

対象ユーザー

タンパク質（モノマーおよび複合体）の3次元構造を予測する必要がある生物学者、生化学者、構造生物学の研究者向けです。複雑なバイオインフォマティクスパイプラインやハイパフォーマンスコンピューティングクラスタを管理する必要がありません。

特徴

• マルチモデル対応: AlphaFold2、AlphaFold3（OpenFold3）、ESMFold、RoseTTAFold2、Boltz を統合。
• クラウドアクセス可能: インストール不要で即時利用可能な Google Colab ノートブックを提供。
• 効率的な MSA 生成: 公開サーバーを活用して配列検索を処理し、ローカルストレージ要件を大幅に削減。
• ローカル実行: conda、pip、Docker を通じたインストールをサポートし、ローカルの GPU 加速予測に対応。
• 高度な入力対応: AlphaFold3互換入力に対応し、DNA、RNA、リガンド（SMILES または CCD コードによる）をサポート。
• パフォーマンス最適化: Ampere GPU での高速予測を実現する JAX コンパイルキャッシュおよび Pallas/Triton カーネルを含む。