aurekaresearch/OpenDDE

What it solves

OpenDDEは、生物分子構造の予測、設計、および最適化のためのスケーラブルなエンジンを提供することで、創薬を加速させるために設計されています。異なる生物分子（タンパク質、DNA、RNA、リガンド）がどのように相互作用し、共に折りたたまれるか（co-foldingと呼ばれるプロセス）の予測の複雑さを解決します。

How it works

これは、co-foldingを利用して構造を予測する全原子生物分子基盤モデルです。システムは、タンパク質鎖、DNA、RNA、リガンド、およびイオンを含む様々な入力タイプをサポートしています。精度を向上させるために、タンパク質的多様性配列アライメント (MSA)、テンプレート検索、およびRNA MSA 前処理を介して外部データを取り込むことができます。より大きな入力に対しては、"Fold-CP" 推論モードがあり、モデルをmbox-parallelism を用いて複数の GPU に分散-parallelism を用いて複数の GPU に分散して実行可能です。

Who it’s for

このツールは、主に創薬、構造生物学、および計算化学の研究者向けです。複雑な生物分子アセンブリの 3D 構造を予測する必要があります。

Highlights

• All-atom foundation model: タンパク質、核酸、および低分子の構造を予測します。

• Co-folding capabilities: 複数の生物分子コンポーネントの相互作用と折りたたみを扱うために特別に設計されています。

• Multi-GPU scaling: より大きな分子入力に対して、分散推論を行うための Fold-CP をサポートしています。

• **Context-parallelism を用いて複数の GPU に分散して実行可能です。

• Specialized checkpoints: 汎用モデルと、抗体-抗原相互作用に特化して微調整されたバージョンが含まれています。