scverse/gget

何を解決するか

gget は、複数の複雑なインターフェースをナビゲートするか、長大なカスタムスクリプトを書く必要がある、ゲノムデータベースの照会プロセスを簡素化します。ゲノムリファレンス、アノテーション、配列、その他の生物学的データを取得するための統合的で単一行インターフェースを提供します。

動作方法

コマンドラインツールおよび相互運用可能なモジュールから構成されるPythonパッケージとして実装されています。各モジュールは特定の種類のデータベース照会に特化しており、単純なコマンドで遺伝子の検索、アミノ酸配列の取得、配列アラインメントの実行などの複雑なタスクを実行できます。

対象ユーザー

さまざまな公開データベースから効率的にゲノムデータを取得・分析する必要があるバイオインフォマティシャン、ゲノム研究者、生物学者。

主な特徴

• 複数データベース対応: Ensembl、NCBI Virus、Protein Data Bank (PDB)、CellxGene を照会可能。
• 配列解析機能: BLAST、BLAT、MUSCLE、DIAMOND アラインメントの統合ツールを搭載。
• 詳細なゲノム情報: ARCHS4 を通じて遺伝子/トランスクリプト情報、アミノ酸配列、組織発現データを取得可能。
• 機能解析: Enrichr を用いたオントロジー解析、Eukaryotic Linear Motifs (ELMs) の検索が可能。
• 多言語対応: CLI、Python、および R（reticulate を介して）で完全に機能します。