genomoncology/biomcp

BioMCP – 生物医学的エビデンスのための統合コマンドラインインターフェース

概要 – BioMCPは、単一バイナリのCLI（およびMCP Model-Context-Protocolサーバー）であり、PubMed、ClinVar、ClinicalTrials.gov、OncoKB、Reactomeなど、約30の信頼できる生物医学データソースを、簡潔で一貫したコマンド文法を通じてクエリできます。同じバイナリをローカルで実行したり、Dockerコンテナ内で動かしたり、Claude Code、Codex、Claude DesktopなどのAIアシスタントツール向けのHTTP/MCPサーバーとして公開したりすることが可能です。

重要性 – 研究者や臨床医は通常、それぞれ独自の識別子やクエリ構文を持つ数十のAPIを組み合わせて作業する必要があります。BioMCPはその複雑さを解消します。search、get、または pivot コマンド一つで適切な上流サービスにアクセスし、結果を重複排除し、コンパクトで信頼性の高いJSONや人間が読みやすいテーブルを返します。また、このツールにはAIエージェントが自動的に呼び出せる skills（すぐに使えるステップバイステップのワークフロー）も搭載されています。

主要機能

機能	使用方法	例
統合文献検索	`search article` (または `search all`) はPubTator3、Europe PMC、PubMed、およびオプションでSemantic Scholarにリクエストを分散し、PMID/DOIを重複排除します。	`biomcp search article -g BRAF --limit 5`
クロスエンティティ・ピボット	フィルターを書き直すことなく、遺伝子 → 変異 → 薬剤 → 治験へとジャンプできます。	`biomcp gene drugs BRAF`
ガイド付き「スキル」	事前に作成された調査パイプラインのカタログ（例：「variant-oncokb」、「disease-trials」）。	`biomcp skill list` → `biomcp skill variant-oncokb`
ローカル研究分析	cBioPortalスタイルのデータセットをダウンロードし、コホート、生存率、共起解析を実行し、ターミナル内でSVG/PNGチャートを生成します。	`biomcp study download msk_impact_2017`
遺伝子セット濃縮解析	g:Profiler（またはセクションレベルの濃縮にはEnrichr）のワンライナーラッパー。	`biomcp enrich BRAF,KRAS,NRAS --limit 10`
バッチ＆ストリーミング	単一コマンドで最大10個の `get` 呼び出しが可能。多数の同時ワーカー向けのHTTPストリーミングサーバー。	`biomcp batch gene BRAF,KRAS,NRAS --json`
AIエージェント統合	Claude Code、Codex、Claude Desktopがツールとして呼び出せるMCPサーバー (`biomcp serve` または `serve-http`) を公開します。	`codex mcp add biomcp -- biomcp serve`

インストール方法（いずれかを選択）

バイナリスクリプト – curl -fsSL https://biomcp.org/install.sh | bash
Pythonツール (uv/pip経由) – uv tool install biomcp-cli (biomcp バイナリを ~/.local/bin にインストール)
Homebrew – brew tap genomoncology/biomcp && brew install biomcp
Docker – docker run --rm ghcr.io/genomoncology/biomcp <command>
ソースから – make install (Rust nextest テストとPythonドキュメントの契約チェックを実行)

一般的なワークフロー (CLI)

# クイックヘルスチェック
biomcp health --apis-only

# 黒色腫におけるBRAFに関するすべての情報を探索
biomcp search all --gene BRAF --disease melanoma --counts-only

# パスウェイとタンパク質発現を深掘り
biomcp get gene BRAF pathways hpa

# ClinVarとgnomADから変異エビデンスを取得
biomcp get variant "BRAF V600E" clinvar population

# 遺伝子セットを濃縮
biomcp enrich BRAF,KRAS,NRAS

同じシーケンスをLLM搭載アシスタントからのMCP呼び出しとして表現でき、モデルは推論に集中し、BioMCPが事実に基づいたエビデンスを提供します。

対象ユーザー

生物医学研究者：多くのデータベースにわたる迅速で再現可能なエビデンス表を必要とする方。
臨床医：個別のウェブポータルを使い分けることなく、変異、薬剤、治験情報を取得したい方。
AIアシスタント開発者：Claude、Codex、その他のLLMエージェントから呼び出せる、決定論的で信頼性の高いツールを探している方。
データアナリスト：公開研究データセット（cBioPortalスタイル）をダウンロードし、ターミナルから迅速なコホート可視化を行いたい方。

制限事項と注意点

ほとんどのコマンドはAPIキーなしで動作しますが、高いレート制限や特定のデータ（Semantic Scholar TL-DR、OpenFDA、OncoKBなど）には適切な環境変数の設定が必要です。
上流ソースのライセンスは尊重されます。BioMCPはデータを再配布せず、一部のプロバイダー（KEGG、COSMIC）は読み取り専用の間接的な方法でのみ利用可能です。
HTTP MCPサーバーはプロセスローカルのレート制限を共有します。高負荷な並列ワークロードの場合は、TLS終端プロキシの背後で共有の serve-http エンドポイントを実行してください。
biomcp PyPIパッケージは公式CLIではありません。代わりに biomcp-cli をインストールしてください。

コミュニティとサポート

問題と機能リクエスト – https://github.com/genomoncology/biomcp/issues
完全なドキュメント – https://biomcp.org/
デモ動画 – St. Jude’s 2025 BioHackathonの講演 (README内のYouTubeリンク)。
引用 – 出版物でこのツールを使用する場合は、提供されている CITATION.cff を使用してください。

まとめ

BioMCPは、簡潔で一貫したCLI文法とMCPサーバーインターフェースを備えた、単一バイナリのクロスソース生物医学クエリエンジンです。人間やLLMエージェントが数十の信頼できるデータベースから文献、変異、薬剤、治験、パスウェイなどを取得し、クエリを書き直すことなくエンティティ間をピボットし、ローカルでの研究分析さえも実行できるようにします。これらすべてを、各上流APIを学習することなく実現します。