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BioMCP: Biomedical Model Context Protocol

What it solves

BioMCP は、PubMed、ClinVar、OncoKB など約 30 の信頼できるバイオメディカルソースへ、複数の API や識別子、検索習慣を行き来することなく統一されたインターフェースでアクセス・クエリできるようにします。遺伝子、変異、薬剤、疾患、タンパク質に関するエビデンスを研究者や臨床医が収集するプロセスを簡素化します。

How it works

単一の CLI バイナリとして動作し、一貫したコマンド文法を提供します。スタンドアロンツールとしても、MCP（Model Context Protocol）サーバーとしても利用でき、Claude Code や Codex といった AI エージェントがこれらのバイオメディカルツールに直接アクセスできます。システムは「ピボット」機能をサポートし（例：遺伝子から関連する臨床試験へ移動）、選択可能なセクションでフォーカスされた出力を提供します。

Who it’s for

バイオメディカル研究者、臨床医、そして公共バイオメディカルデータからエビデンス指向の結果を取得し、cBioPortal 形式のローカルデータセットで研究解析を行いたい AI エージェント開発者向けです。

Highlights

  • Unified Access: PubMed、ClinVar、ClinicalTrials.gov など約 30 のソースに 1 つの文法でアクセス。
  • MCP Server Integration: Model Context Protocol を介した AI エージェントのネイティブサポート。
  • Cross-Entity Pivoting: フィルタを再構築せずに遺伝子、変異、薬剤、疾患間を素早く移動。
  • Local Study Analytics: コホート、サバイバル、共起のクエリや SVG/PNG チャート生成を備えた組み込みツール。
  • Evidence Mapping: 引用、参照、推奨を通じて論文のトレイルを追跡。