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何を解決するか

OmicVerse は、バッチRNA-seq、単細胞、空間的トランスクリプトミクスの間のギャップを埋めるために設計された統合型Pythonフレームワークです。多オミクス解析の包括的なエコシステムを提供し、後処理の可視化、モデルベースの解析、AI支援ワークフローを統合して、生物学的知見を深めます。

どう動くか

このプロジェクトは単一の手法ではなく、広範な分析プラットフォームとして構成されています。pandas、anndata、numpy、mudata などのコアデータ構造を活用してインフラを実装しています。プラットフォームは専門的なモジュールに分かれています：

• コア解析：Scanpy、scVI、Geneformerなど、多数の公開されたトランスクリプトミクスツールを統合。
• J.A.R.V.I.S.：AI支援ワークフロー・システム。ov.Agent により分析ツールと直接対話可能。AIアシスタント（例：Claude Code）にツールを公開するためのMCP（Model Context Protocol）サーバー、Telegramベースのチャットシステムを含む。
• ov.synbio：ゲノムスケール代謝モデル、タンパク質/酵素設計（ESMFold、ProteinMPNNを使用）、DNA設計のための合成生物学スタック。
• ov.mol：ドッキング（AutoDock Vina）とGPU加速分子動力学（OpenMM）を連結し、結合自由エネルギーを計算する分子動力学スタック。

対象ユーザー

バイオインフォマティシャン、計算生物学者、合成生物学および分子動力学の研究者で、多オミクスデータ解析とAI統合型生物学研究に統合ツールセットが必要な人。

特徴

• 統合型多オミクス：バッチ、単細胞、空間的RNA-seq解析を1つのパッケージで統合。
• AI支援ワークフロー：エージェントシステム（J.A.R.V.I.S.）とMCPサーバーを備え、AI駆動の解析を実現。
• AI駆動タンパク質設計：ESMFoldとProteinMPNNを用いた構造予測と逆設計ツールを含む。
• 統合分子動力学：3D構造からGPUベースの分子動力学シミュレーションまでをカバーするフルパイプラインをサポート。