sokrypton/ColabDesign

解決的問題

透過將一系列工具整合至 Google Colab，無需複雜的本地安裝專業軟體，使蛋白質設計對更廣泛的使用者變得可及。

工作原理

本專案提供一組基於機率分佈實現不同蛋白質設計範式的筆記本：

• 由序列生成結構：使用 TrRosetta（TrDesign）與 AlphaFold（AfDesign）從序列預測結構。
• 由結構生成序列：使用 ProteinMPNN 確定適配特定結構的序列。
• 序列生成：實作 MSA_transformer 及各種 DCA 方法（GREMLIN、mfDCA 等）以產生序列。
• 結構生成：使用 Rfdiffusion 生成新的蛋白質結構。

適用對象

需要設計蛋白質但缺乏高階計算資源或本地設定複雜生物資訊學軟體專業知識的研究人員與科學家。

特色亮點

• 與 Google Colab 整合，方便存取。
• 支援多種設計方法，包括 AlphaFold 與 RoseTTAFold。
• 支援由序列到結構與由結構到序列的設計。
• 包含 Rfdiffusion 用於結構生成。