kyegomez/Open-AF3

解決的問題

本專案是 AlphaFold 3 的開源 PyTorch 實作，旨在預測包括蛋白質、核酸與配體在內的生物分子交互作用的三維結構。

作用方式

模型以「Pairformer」（由 48 個模組構成）取代 Evoformer，作用於成對與單一表示。它使用遺傳擴散模組，直接在原始原子座標上運作，訓練網路以去噪帶雜訊的原子座標，進而預測真實座標。為減少幻覺，採用使用 AlphaFold Multimer v2.3 預測結果的交叉蒸餾方法。

適用對象

希望獲得 AlphaFold 3 架構開源替代方案，以進行生物分子結構預測的計算生物學與結構生物學領域的研究人員與開發者。

主要亮點

• 廣泛的預測能力：可從輸入的聚合物序列、殘基修飾與配體 SMILES 預測結構。
• 基於擴散的生成：使用擴散滾動程序，從隨機雜訊生成最終原子位置。
• 置信度度量：回歸原子級與成對誤差，以預測 pLDDT 與預測對齊誤差（PAE）矩陣。
• PyTorch 實作：提供 AlphaFold 3 核心架構的模組化 PyTorch 實作。