RosettaCommons/foundry

解決的問題

Foundry 提供統一的基礎設施，用於蛋白質與核酸的設計、摺疊與序列最佳化。它簡化了使用與訓練各種生物分子模型的流程，無需為蛋白質設計流程的不同階段管理多個分散的工具。

工作原理

Foundry 作為多個專用 AI 模型的中央枢纽：

• RFdiffusion3 (RFD3)：一種在複雜約束下設計蛋白質結構的全原子生成模型。
• RFdiffusion3NA (RFD3NA)：RFD3 的延伸版本，增加了設計核酸結構的能力。
• RosettaFold3 (RF3)：用於蛋白質摺疊的結構預測神經網路。
• ProteinMPNN / LigandMPNN：輕量級逆摺疊模型，用於為特定蛋白質骨架設計多樣化序列。

所有這些模型都依賴於 AtomWorks，一個用於操作與處理生物分子結構的框架，來處理訓練與推論資料。

適用對象

本專案旨在服務需要設計新蛋白質或預測其結構的計算生物學與蛋白質工程領域的研究人員與開發者。

主要亮點

• 統一工具鏈：將生成設計、結構預測與序列設計整合至一個套件中。
• 廣泛的硬體支援：相容 NVIDIA GPU、Intel XPU 與 Apple Silicon (MPS)。
• 提供官方 Docker 映像：提供官方 Docker 映像，以簡化部署與權重管理。
• 可擴展架構：允許開發者將新模型作為獨立套件加入系統中。