openworm/OpenWorm

解決的問題

OpenWorm 建立了 Caenorhabditis elegans (C. elegans) 輪蟲的綜合性計算模型。透過模擬其神經系統與身體，旨在理解生物機制，觀察複雜行為（如攝食與避敵）是否能從底層生物數據中自然出現。

如何運作

本專案採用自下而上的方法，將實驗科學數據整合至軟體模型中。模擬主要由兩個核心元件組成：

1. c302：蠕蟲神經系統模型。
2. Sibernetic：使用神經系統模型輸出來模擬物理運動的3D身體模型。

使用者可透過 Docker 容器執行整個流程，並行運行這些模型，並產生神經元與肌肉活動的圖表，以及蠕蟲運動的影片。

適用對象

此工具專為對同一生物體模擬與生物建模感興趣的研究人員、生物學家與計算科學家設計。

主要亮點

• 資料驅動：基於過去十年的科學實驗所建構。
• 整合模擬：結合神經活動與3D物理身體模型。
• 視覺化輸出：產生影片與活動圖表，展示模擬行為。
• Docker 化：以自包含環境提供，方便安裝並確保結果可重現。