broadinstitute/CellBender

解決的問題

CellBender 可從高通量單細胞RNA定序（scRNA-seq）資料中消除技術性偽影與系統性背景雜訊。具體來說，它解決了環境RNA分子與隨機條碼交換污染原始計數矩陣的問題。

工作原理

提供一個 remove-background 模組，用於處理基於UMI的scRNA-seq原始計數矩陣，以去除這些偽影。該工具設計為命令列介面（CLI）執行，並支援透過CUDA實現GPU加速，以應對去雜訊過程的計算需求。

適用對象

從事單細胞實驗的研究人員與生物資訊學家，包括使用scRNA-seq、snRNA-seq與CITE-seq技術的使用者。

主要亮點

• 廣泛相容性：適用於scRNA-seq、snRNA-seq與CITE-seq等多種定序模式。
• GPU加速：支援CUDA，以加快大型資料集的處理速度。
• 靈活部署：可透過pip、Docker映像以及Terra與Dockstore平台的WDL工作流程取得。