aurekaresearch/OpenDDE

What it solves

OpenDDE 是為了加速藥物研發而設計的，它提供了一個可擴展的生物分子結構預測、設計與優化的引擎。它解決了預測不同生物分子（蛋白質、DNA、RNA 和配體）如何相互作用並共同摺疊（此過程稱為共摺疊）的複雜性。

How it works

這是一個全原子生物分子基礎模型，利用共摺疊來預測結構。該系統支持各種輸入類型，包括蛋白質鏈、DNA、RNA、配體和離子。為了提高準確性，它可以通過蛋白質多序列比對 (MSA)、模板搜索和 RNA MSA 預處理來整合外部數據。對於較大的輸入，它具有 "Fold-CP" 推理模式，允許模型在多個 GPU 上通過上下文並行 (context-parallelism) 運行。

Who it’s for

此工具主要面向藥物研發、結構生物學和計算化學領域的研究人員，他們需要預測複雜生物分子組裝體的 3D 結構。

Highlights

• All-atom foundation model: 預測蛋白質、核酸和細分分子的結構。
• Co-folding capabilities: 專門設計用於處理多個生物分子組件的相互作用與摺疊。
• Multi-GPU scaling: 支持 Fold-CP 以在較大的分子輸入上進行分佈式推理。
• Specialized checkpoints: 包括一個通用模型和一個專門針對抗體-抗原相互作用進行微調的版本。