OTeam-AI4S/ODesign

解決的問題

ODesign 是一個為生物分子相互作用設計而設計的全原子生成式世界模型。透過指定目標分子上的表位或熱點殘基，使用者可為任意目標生成多種類型的結合夥伴（蛋白質、配體、核酸和環狀肽），從而實現對設計過程的細緻控制。

工作原理

ODesign 使用一個可在多種模態下運作的生成模型，支援靈活受體或剛性受體設計模式。它以參考結構和熱點殘基或原子的指定作為輸入，生成結合夥伴。系統包含一個逆摺疊模組（OInvFold），用於決定生成的骨架結構的序列。此外，還支援「部分擴散」功能，允許使用者修改現有結合分子的特定區域以改善其性能。

適用對象

本工具適用於需要為藥物發現或蛋白質工程設計能與特定靶標結合的新生物分子的計算生物學家、化學家和製藥研究人員。

主要亮點

• 全對全設計：支援生成蛋白質、配體、核酸（DNA/RNA）和環狀肽。
• 多模態能力：針對不同模態提供特定預訓練模型（例如 odesign_base_prot_flex 用於蛋白質）。
• 細緻控制：使用者可指定目標分子上的精確熱點以引導生成過程。
• 多功能設計任務：包括蛋白質-蛋白質/配體結合設計、原子與基序支架建構、核酸骨架生成等。
• 部分擴散：能夠修改現有分子，而非從頭生成。