openworm/OpenWorm

解决的问题

OpenWorm 创建了一个 Caenorhabditis elegans (C. elegans) 轮虫的综合性计算模型。它通过模拟其神经系统和身体，旨在理解生物机制，观察复杂行为（如摄食和避敌）是否能从底层生物数据中涌现出来。

如何工作

该项目采用自下而上的方法，将实验科学数据整合到软件模型中。该模拟主要包括两个核心组件：

1. c302：蠕虫神经系统模型。
2. Sibernetic：一个3D身体模型，利用神经系统模型的输出来模拟物理运动。

用户可以通过 Docker 容器运行整个流程，该容器并行执行这些模型，并生成神经元和肌肉活动的图表，以及蠕虫运动的视频。

适用对象

此工具专为对同一生物体模拟和生物建模感兴趣的科研人员、生物学家和计算科学家设计。

主要亮点

• 数据驱动：基于过去十年的科学实验构建。
• 集成模拟：将神经活动与3D物理身体模型相结合。
• 可视化输出：生成视频和活动图表，展示模拟行为。
• Docker化：以自包含环境形式提供，便于安装并确保结果可复现。