OTeam-AI4S/ODesign

解决的问题

ODesign 是一个为生物分子相互作用设计而设计的全原子生成式世界模型。通过指定目标分子上的表位或热点残基，用户可以为任意目标生成多种类型的结合伙伴（蛋白质、配体、核酸和环状肽），从而实现对设计过程的精细控制。

工作原理

ODesign 使用一个可在多种模态下运行的生成模型，支持灵活受体或刚性受体设计模式。它以参考结构和热点残基或原子的指定作为输入，生成结合伙伴。系统包含一个逆折叠模块（OInvFold），用于确定生成的骨架结构的序列。此外，还支持“部分扩散”功能，允许用户修改现有结合分子的特定区域以改善其性能。

适用人群

本工具适用于需要为药物发现或蛋白质工程设计能与特定靶标结合的新生物分子的计算生物学家、化学家和制药研究人员。

主要亮点

• 全对全设计：支持生成蛋白质、配体、核酸（DNA/RNA）和环状肽。
• 多模态能力：针对不同模态提供特定预训练模型（例如 odesign_base_prot_flex 用于蛋白质）。
• 精细控制：用户可指定目标分子上的精确热点以引导生成过程。
• 多功能设计任务：包括蛋白质-蛋白质/配体结合设计、原子与基序支架构建、核酸骨架生成等。
• 部分扩散：能够修改现有分子，而非从头生成。