RosettaCommons/foundry

解决的问题

Foundry 为蛋白质和核酸的设计、折叠和序列优化提供统一的基础设施。它简化了使用和训练各种生物分子模型的流程，无需为蛋白质设计流程的不同阶段管理多个分散的工具。

工作原理

Foundry 作为多个专用 AI 模型的中心枢纽：

• RFdiffusion3 (RFD3)：一种在复杂约束条件下设计蛋白质结构的全原子生成模型。
• RFdiffusion3NA (RFD3NA)：RFD3 的扩展版本，增加了设计核酸结构的能力。
• RosettaFold3 (RF3)：用于蛋白质折叠的结构预测神经网络。
• ProteinMPNN / LigandMPNN：轻量级逆折叠模型，用于为特定蛋白质骨架设计多样化序列。

所有这些模型都依赖于 AtomWorks，一个用于操作和处理生物分子结构的框架，来处理训练和推理数据。

适用人群

本项目面向需要设计新蛋白质或预测其结构的计算生物学和蛋白质工程领域的研究人员和开发者。

主要亮点

• 统一工具链：将生成设计、结构预测和序列设计整合到一个包中。
• 广泛的硬件支持：兼容 NVIDIA GPU、Intel XPU 和 Apple Silicon (MPS)。
• 提供官方 Docker 镜像：便于部署和权重管理的官方 Docker 镜像。
• 可扩展架构：允许开发者将新模型作为独立包添加到系统中。