RosettaCommons/foundry

解决的问题

Foundry 为蛋白质和核酸的设计、折叠和序列优化提供统一的基础设施。它简化了使用和训练各种生物分子模型的流程，降低了管理不同模型架构及其特定需求所带来的摩擦。

工作原理

Foundry 作为一个工具层，整合了多个专用模型，并依赖 AtomWorks 进行生物分子结构的处理和特征提取。它支持以下关键模型类别：

• 生成设计：RFdiffusion3 (RFD3) 和 RFdiffusion3NA (RFD3NA) 在复杂约束下生成全原子蛋白质和核酸结构。
• 结构预测：RosettaFold3 (RF3) 预测蛋白质结构，为闭源模型提供开源替代方案。
• 逆折叠：ProteinMPNN 和 LigandMPNN 为特定骨架设计多样化的序列。
• 优化：RFOptimization 结合 RF3 梯度、Boltz-2 预测和 MPNN 重设计，实现序列优化。

适用人群

专为计算生物学和蛋白质工程领域的研究人员和开发者设计，适用于需要标准化环境来运行推理或训练生物分子设计模型的用户。

主要亮点

• 统一工具链：单一框架即可管理 RFD3、RF3 和 MPNN 变体。
• 广泛硬件支持：兼容 NVIDIA GPU、Intel XPU 和 Apple Silicon (MPS)。
• 深度集成生态：与 AtomWorks 深度集成，支持结构的输入/输出和预处理。
• 灵活部署方式：可通过 pip、Docker 镜像和 Google Colab 教程使用。