aurekaresearch/OpenDDE

What it solves

OpenDDE 是为了加速药物研发而设计的，它提供了一个可扩展的生物分子结构预测、设计与优化的引擎。它解决了预测不同生物分子（蛋白质、DNA、RNA 和配体）如何相互作用并共同折叠（这一过程被称为 co-folding）的复杂性。

How it works

这是一个全原子生物分子基础模型，利用 co-folding 来预测结构。该系统支持各种输入类型，包括蛋白质链、DNA、RNA、配体和离子。为了提高准确性，它可以通过蛋白质多序列比对 (MSA)、模板搜索和 RNA MSA 预处理来整合外部数据。对于较大的输入，它具有 "Fold-CP" 推理模式，它允许模型在多个 GPU 上通过 context-parallelism 来运行。

Who it’s for

此工具主要面向药物研发、结构生物学和计算化学领域的研究人员，他们需要预测复杂生物分子组装体的 3D 结构。

Highlights

• All-atom foundation model: 预测蛋白质、核酸和细分 molecules 结构。
• Co-folding capabilities: 专门设计用于处理多个生物分子组件的相互作用和折叠。
• Multi-GPU scaling: 支持 Fold-CP 以在较大的分子输入上进行分布式推理。
• Specialized checkpoints: 包括一个通用模型和一个专门针对抗体-抗原相互作用进行微调的版本。