MouseLand/suite2p

它解决了什么问题

Suite2p 是一个用于处理双光子钙成像数据的流程。它自动化地从大规模成像记录中提取神经活动，使研究人员能够识别并追踪大脑中单个神经元（ROI）的活动。

它如何工作

该软件通过一系列模块处理原始成像数据：

• 配准：对成像帧进行对齐，以校正运动伪影。
• ROI检测：在数据中识别感兴趣区域（神经元）。
• 信号提取：从识别出的 ROI 中提取荧光信号轨迹。
• 信号提取：从识别出的 ROI 中提取荧光信号轨迹。
• ROI分类：使用分类器区分真实细胞与噪声/伪影。
• 峰检测：使用去卷积算法从荧光信号轨迹中估计神经脉冲。
• 可视化 GUI：提供图形界面以审查结果、优化 ROI 选择，并可视化群体水平的活动。

适用人群

专为从事双光子钙成像数据分析的神经科学家和研究人员设计，用于大规模分析神经活动。

主要特点

• 端到端流程：涵盖从配准到峰检测的全部步骤。
• 集成 GUI：支持手动优化 ROI 并训练自定义分类器，以适应特定数据的统计特性。
• GPU 加速：支持 CUDA，加快长时间记录的处理速度。
• 全面的输出结果：生成荧光信号轨迹、神经元外信号轨迹以及去卷积后的峰信号轨迹。