steineggerlab/foldseek

해결하는 문제

Foldseek는 대규모 단백질 구조 세트의 빠르고 민감한 비교를 위해 설계되었습니다. AlphaFoldDB 및 PDB와 같은 거대한 데이터베이스에서 유사한 구조를 몇 초 내에 검색하고 클러스터링할 수 있는 문제를 해결합니다.

작동 방식

Foldseek는 구조적 정렬 방식을 사용하여 단백질을 비교합니다. 기본적인 국소 3Di+AA 정렬, 전역 TMalign, 국소 LoLalign 등의 여러 정렬 모드를 지원합니다. CPU 또는 GPU를 사용하여 가속화할 수 있습니다. 독특한 기능 중 하나는 예측 구조 없이 언어 모델(ProstT5)을 사용하여 단백질 서열에서 직접 비교를 수행할 수 있다는 점입니다.

대상 사용자

이 도구는 대규모 단백질 구조 검색, 정렬 및 클러스터링이 필요한 구조 생물학자 및 생물정보학 연구자에게 주로 적합합니다.

주요 특징

• 고성능: GPU 가속을 지원하여 검색 및 클러스터링을 더욱 빠르게 수행합니다.
• 다양한 입력 형식: PDB/mmCIF 형식의 단백질 구조 또는 언어 모델을 통해 FASTA 형식의 단백질 서열을 입력받을 수 있습니다.
• 포괄적인 검색 기능: 단량체 및 다량체 검색 및 클러스터링을 모두 지원합니다.
• 통합 시각화: StrucTTY라고 불리는 내장형 터미널 구조 뷰어를 포함합니다.
• 사전 구축된 데이터베이스: AlphaFoldDB 및 PDB와 같은 사전 생성된 데이터베이스에 쉽게 접근할 수 있습니다.