aurekaresearch/OpenDDE

What it solves

OpenDDE는 생체 분자 구조 예측, 설계 및 최적화를 위한 확장 가능한 엔진을 것을 제공하여 약물 개발을 가속화하도록 설계되었습니다. 서로 다른 생체 분자(단백질, DNA, RNA, 리간드)가 어떻게 상호작용하고 함께 폴딩되는지(co-folding이라 불리는 프로세스)를 예측하는 복잡성을 해결합니다.

How it works

이것은 co-folding을 사용하여 구조를 예측하는 전원자(all-atom) 생체 분자 기초 모델입니다. 시스템은 단백질 체인, DNA, RNA, 리간드 및 이온을 포함한 다양한 입력 유형을 지원합니다. 정확도를 높이기 위해 단백질 다중 서열 정렬(MSA)을 데이터를 통합-integrating external data through protein Multiple Sequence Alignments (MSA), template searches,를 통합할 수 있습니다. 더 큰 입력에 대해, context-parallelism을 사용하여 multi-GPU 환경에서 모델을 실행할 수 있는 "Fold-CP" 추론 모드를 기능으로 제공합니다.

Who it’s for

이 도구는 주로 복잡한 생체 분자 복합체의 3D 구조를 예측해야 하는 약물 개발, 구조 생물학 및 계산 화학 연구자들을 위한 것입니다.

Highlights

• All-atom foundation model: 단백질, 핵산, 그리고 소분자 구조를 예측합니다.

• Co-folding capabilities: 여러 생체 분자 구성 요소의 상약작용과 폴딩을 처리하기 위해 특별히 설계되었습니다.

• Multi-GPU scaling: 더 큰 분자 입력에 대해 분산 추론을을 위한 Fold-CP를 지원합니다.

• Specialized checkpoints: 범용 모델과 항체-항원 상약작용에 특화화된 버전이 포함되어 있습니다.