sokrypton/ColabFold

해결하는 문제

ColabFold는 사용하기 쉬운 Google Colab 노트북과 로컬 설치 옵션을 제공함으로써 고정밀도 단백질 구조 예측을 모든 사용자가 접근할 수 있도록 하는 도구입니다. 거대한 데이터베이스와 고성능 하드웨어의 복잡한 로컬 설정이 필요 없도록 공개 MSA(다중 서열 정렬) 서버, 배치 처리 도구, 그리고 최신 단백질 접힘 모델 여러 가지를 지원합니다.

작동 방식

ColabFold는 AlphaFold2, AlphaFold3/OpenFold3, ESMFold, RoseTTAFold2와 같은 여러 단백질 접힘 모델을 통합된 워크플로우에 통합합니다. 접힘 예측에 필요한 서열 정렬을 외부 MSA 서버에서 생성함으로써 로컬 스토리지 및 컴퓨팅 요구 사항을 크게 줄입니다. 로컬 사용자를 위해 colabfold_batch를 통해 구조 예측을 수행하고, MMseqs2를 사용하여 로컬 MSA 생성을 위한 colabfold_search를 제공하며 GPU 가속 검색도 지원합니다.

대상 사용자

거대한 게놈 데이터베이스나 복잡한 인프라를 관리하지 않고도 단백질, 단량체, 복합체의 3차원 구조를 예측해야 하는 생물학자, 생화학자, 구조 생물학자.

주요 특징

• 다중 모델 지원: AlphaFold2, AlphaFold3, ESMFold, RoseTTAFold2용 노트북과 도구 제공.
• MSA 서버: 계산 비용이 큰 서열 정렬 작업을 공개 서버가 처리하여 Colab을 통해 접힘 예측을 쉽게 접근 가능하게 함.
• 로컬 설치 지원: Linux, macOS, Windows(WSL2를 통해)를 지원하여 고처리량 배치 예측 가능.
• GPU 가속: MMseqs2-GPU 및 융합 커널을 통해 GPU 가속 MSA 검색을 지원하여 접힘 속도를 빠르게 함.
• AF3 호환성: AlphaFold3와 호환되는 JSON 형식으로 MSA 내보내기 가능하며, DNA, RNA, 리간드와 같은 단백질 외 분자도 지원.