OTeam-AI4S/ODesign

해결하는 문제

ODesign는 생체 분자 상호작용 설계를 위한 모든 원자 기반 생성형 월드 모델입니다. 타겟 분자의 에피토프 또는 핫스팟을 지정함으로써, 임의의 타겟에 대해 다양한 종류의 결합 파트너(단백질, 리간드, 핵산, 사이클릭 펩타이드)를 생성할 수 있으며, 설계 과정에서 세밀한 제어를 가능하게 합니다.

작동 방식

ODesign는 다양한 모달리티에서 작동할 수 있는 생성 모델을 사용하며, 유연한 수용체 또는 강체 수용체 모드로 설계가 가능합니다. 참조 구조와 핫스팟 잔기 또는 원자를 입력으로 받아 결합 파트너를 생성합니다. 시스템에는 생성된 백본 구조에 대한 시퀀스를 결정하는 역접힘 모듈(OInvFold)이 포함되어 있습니다. 또한 "부분 확산" 기능을 지원하여 기존 결합 분자의 특정 영역을 수정하여 성능을 향상시킬 수 있습니다.

대상 사용자

이 도구는 약물 개발이나 단백질 공학을 위해 특정 타겟에 결합할 수 있는 새로운 생체 분자를 설계해야 하는 계산 생물학자, 화학자, 제약 연구자들을 위한 것입니다.

주요 특징

• 모든 대상 설계 지원: 단백질, 리간드, 핵산(DNA/RNA), 사이클릭 펩타이드 생성을 지원합니다.
• 다중 모달 기능: 다양한 모달리티에 맞춘 사전 학습된 모델 제공 (예: odesign_base_prot_flex는 단백질용).
• 세밀한 제어: 타겟 분자의 정확한 핫스팟을 지정하여 생성을 안내할 수 있습니다.
• 다양한 설계 작업: 단백질-단백질/리간드 결합 설계, 원자 및 모티프 스케일링, 핵산 백본 생성 등을 포함합니다.
• 부분 확산: 완전히 새로운 분자를 생성하는 대신 기존 분자를 수정할 수 있는 기능.