RosettaCommons/foundry

해결하는 문제

Foundry는 단백질 및 핵산의 설계, 접힘, 서열 최적화를 위한 통합 인프라를 제공합니다. 다양한 생분자 모델을 사용하고 훈련하는 과정을 간소화하여, 서로 다른 모델 아키텍처와 각각의 고유한 요구사항을 관리할 때 발생하는 장벽을 줄입니다.

작동 방식

Foundry는 여러 전문 모델을 통합하는 도구 계층으로, 생분자 구조 처리 및 특징 추출에는 AtomWorks에 의존합니다. 다음과 같은 주요 모델 유형을 지원합니다:

• 생성 설계: RFdiffusion3 (RFD3) 및 RFdiffusion3NA (RFD3NA)는 복잡한 제약 조건 하에서 전체 원자 단백질 및 핵산 구조를 생성합니다.
• 구조 예측: RosettaFold3 (RF3)는 단백질 구조를 예측하여 폐쇄형 모델의 오픈소스 대안을 제공합니다.
• 역접힘: ProteinMPNN 및 LigandMPNN는 특정 골격에 대해 다양한 서열을 설계합니다.
• 최적화: RFOptimization은 RF3의 기울기, Boltz-2 예측, MPNN 재설계를 결합하여 서열 최적화를 수행합니다.

대상 사용자

계산 생물학 및 단백질 공학 분야의 연구자 및 개발자에게 적합하며, 생분자 설계를 위한 추론 또는 모델 훈련을 수행할 수 있는 표준화된 환경이 필요한 사람들을 대상으로 합니다.

주요 특징

• 통합 도구: RFD3, RF3, MPNN 변형을 하나의 프레임워크로 관리 가능.
• 광범위한 하드웨어 지원: NVIDIA GPU, Intel XPU, Apple Silicon (MPS)와 호환.
• 통합 생태계: 구조 I/O 및 전처리를 위해 AtomWorks와 깊이 통합.
• 유연한 배포: pip, Docker 이미지, Google Colab 튜토리얼을 통해 이용 가능.