RosettaCommons/foundry

해결하는 문제

Foundry는 단백질 및 핵산의 설계, 접힘, 서열 최적화를 위한 통합된 인프라를 제공합니다. 다양한 생물분자 모델을 사용하고 훈련하는 과정을 간소화하여, 단백질 설계 파이프라인의 각 단계에 대해 별도의 도구를 관리할 필요가 없게 됩니다.

작동 방식

Foundry는 여러 전문적인 AI 모델의 중심 허브 역할을 합니다:

• RFdiffusion3 (RFD3): 복잡한 제약 조건 하에서 단백질 구조를 설계하는 아톰 수준의 생성 모델입니다.
• RFdiffusion3NA (RFD3NA): RFD3의 확장 버전으로, 핵산 구조 설계 기능을 추가합니다.
• RosettaFold3 (RF3): 단백질 접힘을 위한 구조 예측 신경망입니다.
• ProteinMPNN / LigandMPNN: 특정 단백질 골격에 대해 다양한 서열을 설계하는 데 사용되는 경량 역접힘 모델입니다.

이 모든 모델은 AtomWorks 라는 생물분자 구조 조작 및 처리를 위한 프레임워크에 의존하여 훈련 및 추론 데이터를 처리합니다.

대상 사용자

이 프로젝트는 새로운 단백질을 설계하거나 구조를 예측해야 하는 계산 생물학 및 단백질 공학 분야의 연구자 및 개발자를 대상으로 합니다.

주요 특징

• 통합 도구: 생성 설계, 구조 예측, 서열 설계를 하나의 패키지로 통합합니다.
• 광범위한 하드웨어 지원: NVIDIA GPU, Intel XPU, Apple Silicon (MPS)와 호환됩니다.
• 공식 Docker 이미지 제공: 배포 및 가중치 관리를 더 쉽게 제공합니다.
• 확장 가능한 아키텍처: 개발자가 새로운 모델을 시스템 내 독립된 패키지로 추가할 수 있도록 설계되어 있습니다.