bytedance/Protenix

何を解決するか

Protenixは、高精度なオープンソースの生体分子構造予測を提供します。AlphaFold3のようなプロプライエタリモデルの代替として、先進的な計算生物学ツールを研究者にアクセス可能かつ拡張可能にすることが目的です。

動作方法

Protenixは、基礎モデルを用いて生体分子の3次元構造を予測します。タンパク質およびRNAの複数配列アラインメント（MSA）と、テンプレートベースの予測をサポートしています。推論時スケーリングを可能にし、抗原-抗体複合体のような複雑なターゲットの精度を向上させるために、サンプリング候補数を増やすことができます。また、原子レベルの接触およびポケット制約をサポートし、予測プロセスに物理的事前知識を組み込むことが可能です。

対象ユーザー

タンパク質、RNA、およびそれらの相互作用の高精度3次元構造予測が必要な、計算生物学、構造生物学、創薬や生体分子設計の研究者。

特徴

• 高精度: モデル規模と推論予算が類似する中で、多様なベンチマークでAlphaFold3を上回ります。
• 多様なモデルバリアント: 実用的なアプリケーション向けのモデル（更新されたデータカットオフ）と、推論コストを削減するための軽量版「Mini」を含みます。
• 拡張可能なエコシステム: PXDesign（デノボタンパク質バインダー設計用）とPXMeter（再現性のある評価用）を含む一連のツールと連携しています。
• オープンソース: 学術的および商業的利用を含む、Apache 2.0ライセンスで公開されています。