sokrypton/ColabDesign

何を解決するか

Google Colabに統合されたツールのスイートを提供することで、専門的なソフトウェアの複雑なローカルインストールを必要とせずに、より広範なユーザーにタンパク質設計を可能にします。

仕組み

このプロジェクトは、確率分布に基づく異なるタンパク質設計パラダイムを実装したノートブックのセットを提供します：

• 配列から構造へ：TrRosetta（TrDesign）およびAlphaFold（AfDesign）を使用して、配列から構造を予測します。
• 構造から配列へ：ProteinMPNNを使用して、特定の構造に適合する配列を決定します。
• 配列生成：MSA_transformerおよびさまざまなDCA手法（GREMLIN、mfDCAなど）を実装して配列を生成します。
• 構造生成：Rfdiffusionを使用して新しいタンパク質構造を生成します。

対象ユーザー

高スペックのコンピューティングリソースや、複雑なバイオインフォマティクスソフトウェアのローカル設定の専門知識が不足しているが、タンパク質設計が必要な研究者や科学者です。

特徴

• Google Colabとの統合により、簡単にアクセス可能。
• AlphaFoldおよびRoseTTAFoldを含む複数の設計手法に対応。
• 配列から構造、構造から配列への設計に対応。
• 構造生成にRfdiffusionを含む。