nanoporetech/dorado

What it solves

Doradoは、Oxford Nanoporeのリードを処理するために設計された高性能解析エンジンです。ベースコーリング、アライメント、エラー訂正を通じて、生のシーケンシングデータを利用可能な遺伝情報へと効率的に変換し、GPUやApple Silicon上でのハードウェアアクセラレーションを最大限に活用します。

How it works

Doradoは、libtorch（PyTorchのC++ API）をベースに構築されており、ディープラーニングモデルを使用してベースコーリング（ナノポアシーケンシングからの生の信号データをヌクレオチド配列に変換すること）を行います。Nvidia GPUやApple Mシリーズチップ上で高速な推論を実現するために、カスタムCUDAおよびMetalの最適化を採用しています。このエンジンは、simplexおよびduplexベースコーリング、修飾塩基（エピジェネティックマーカー）の検出、およびpoly(A)テールの推定を含む、さまざまなモードをサポートしています。

Who it’s for

Oxford Nanoporeシーケンシングデータを使用し、ベースコーリング、リードのアライメント、およびアセンブリのポリッシング（精緻化）のための高速でスケーラブルな解析パイプラインを必要とするバイオインフォマティシャンや研究者向けです。

Highlights

• Hardware Acceleration: Nvidia A100/H100 GPUおよびApple Silicon向けに最適化されており、マルチGPUによる線形スケーリングが可能です。
• Advanced Basecalling: 修飾塩基のベースコーリング（例：5mC, 6mA）および、より高い精度を実現するduplexベースコーリングをサポートしています。
• Integrated Tooling: リードのアライメント（minimap2経由）、バーコード分類、およびシングルリードのエラー訂正（HERRO経由）のための組み込みサポートが含まれています。
• Assembly Polishing: FlyeやHifiasmなどの他のツールからのドラフトアセンブリを精緻化するための、高精度なポリッシングツールを提供します。