ccsb-scripps/AutoDock-Vina

何を解決するか

AutoDock Vina は、小分子（リガンド）が標的タンパク質に結合する仕組みを予測するために使用される計算ドッキングプログラムです。大規模な分子ライブラリの仮想スクリーニングを高速かつ正確に行い、潜在的なドラッグ候補を特定するための手段を提供します。

動作方法

このプログラムは、単純なスコアリング関数と高速な勾配最適化によるコンフォメーション探索を使用して、タンパク質の結合部位内でのリガンドの最も安定した結合姿勢を決定します。

対象ユーザー

計算化学、ドラッグディスカバリ、分子生物学の研究者で、分子ドッキングや仮想スクリーニングを実行する必要がある方々を対象としています。

特徴

• 複数のリガンドを同時にドッキング可能で、仮想スクリーニング用のバッチモードをサポート。
• AutoDock 4.2 および Vina のスコアリング関数と互換性あり。
• マクロサイクル分子および水和ドッキングプロトコルをサポート。
• Linux および Mac システム用に Python バインディングが利用可能。