broadinstitute/CellBender

何を解決するか

CellBender は、高スループット単細胞RNAシークエンシング（scRNA-seq）データから技術的アーティファクトおよび系統的なバックグラウンドノイズを除去します。特に、環境RNA分子やランダムなバーコードスワッピングによる、原始的なカウント行列の汚染という問題に対処します。

動作方法

remove-background モジュールを提供し、UMIベースのscRNA-seqカウント行列を処理してこれらのアーティファクトを除去します。このツールはコマンドラインインターフェース（CLI）として実行されるように設計されており、CUDAを介したGPUアクセラレーションをサポートしており、ノイズ除去プロセスの計算負荷に対応できます。

対象ユーザー

単細胞実験、特にscRNA-seq、snRNA-seq、CITE-seq技術を使用している研究者およびバイオインフォマティシャン。

特徴

• 広範な互換性: scRNA-seq、snRNA-seq、CITE-seqなど、複数のシークエンシングモダリティに対応。
• GPUアクセラレーション: 大規模データセットの高速処理のためのCUDAをサポート。
• 柔軟なデプロイ: pip、Dockerイメージ、TerraやDockstore向けのWDLワークフローを通じて利用可能。