10XGenomics/cellranger

10x Genomics Single Cell Analysis

何を解決するか

10x Genomics Chromium Single Cell プラットフォームからの生データを標準化された方法で処理し、原始的な配列読み取りデータを遺伝子数や転写産物配列などの有用な生物学的データに変換します。

動作方法

複数の分析パイプラインを使用して、サンプルのデマルチプレキシング、バーコード処理、3'および5'発現のための遺伝子カウントなどの主要なタスクを実行します。また、V(D)J転写産物配列のアセンブリとアノテーション、およびFeature Barcode分析も対応しています。

対象ユーザー

10x Genomics Chromiumプラットフォームで生成された単細胞シーケンシングデータを扱う研究者や科学者。

特徴

  • 単細胞遺伝子カウント用の標準化されたパイプライン
  • V(D)J転写産物配列アセンブリのサポート
  • Feature Barcode分析のサポート
  • 3'および5'遺伝子カウントの両方を対応

関連

  • プロジェクト
    broadinstitute/CellBender

    単細胞RNAシークエンシングデータから環境RNAとバーコードスワッピングのアーティファクトを除去し、データ品質を向上させるソフトウェアパッケージ。

  • プロジェクト
    scverse/gget

    効率的で単一行のコマンドでゲノムリファレンスデータベースと配列解析を行うためのコマンドラインツールおよびPythonパッケージ。

  • プロジェクト
    usadellab/Helixer

    Helixer は、深層学習と隠れマルコフモデルを用いて、さまざまな系統の種において *ab initio* 遺伝子コールを実行する構造ゲノムアノテーションツールです。

  • プロジェクト
    OmicsML/dance

    単細胞遺伝子発現解析のためのディープラーニングツールキットで、実験の再現性を確保するベンチマークプラットフォームと、自動前処理の推奨を提供する仕組みを備えています。

  • プロジェクト
    DataScienceUIBK/Rankify

    検索、リランキング、および RAG のための包括的な Python ツールキット。最先端のモデルを実験・展開・デプロイするための統一インターフェースを提供します。