OTeam-AI4S/ODesign

何を解決するか

ODesign は生体分子相互作用設計向けに設計された、すべての原子を対象とした生成型ワールドモデルです。ターゲット分子上のエピトープやホットスポットを指定することで、任意のターゲットに対して多様な種類の結合パートナー（タンパク質、リガンド、核酸、環状ペプチド）を生成でき、設計プロセスにおける細かい制御を可能にします。

動作方法

ODesign は、複数のモダリティで動作可能な生成モデルを用いており、柔軟な受容体モードまたは剛体受容体モードのいずれかで設計が可能です。参照構造とホットスポットの残基または原子の指定を入力として受け取り、結合パートナーを生成します。システムには、生成された骨格構造に対して配列を決定するための逆折りたたみモジュール（OInvFold）が含まれています。また、「部分拡散（partial diffusion）」機能もサポートしており、既存の結合分子の特定領域を変更してその性質を改善することが可能です。

対象ユーザー

このツールは、創薬やタンパク質工学のための特定ターゲットに結合する新しい生体分子を設計する必要がある計算生物学者、化学者、製薬研究者を対象としています。

主な特徴

• すべてのモダリティ対応設計：タンパク質、リガンド、核酸（DNA/RNA）、環状ペプチドの生成をサポート。
• マルチモーダル機能：異なるモダリティ向けに事前に学習されたモデルを用意（例：odesign_base_prot_flex はタンパク質用）。
• 細かい制御：ターゲット分子上の正確なホットスポットを指定して生成をガイド可能。
• 多様な設計タスク：タンパク質-タンパク質/リガンド結合設計、原子およびモチーフのスケルトン構築、核酸の骨格生成などを含む。
• 部分拡散：完全に新しい分子を生成するのではなく、既存の分子を修正できる機能。