RosettaCommons/foundry

何を解決するか

Foundry は、タンパク質および核酸の設計、折りたたみ、配列最適化のための統合的なインフラストラクチャを提供します。さまざまなバイオ分子モデルの使用とトレーニングのプロセスを簡素化し、タンパク質設計パイプラインの各段階に異なるツールを別々に管理する必要がなくなります。

仕組み

Foundry は、いくつかの専門的なAIモデルの中心的なハブとして機能します：

• RFdiffusion3 (RFD3): 複雑な制約下でタンパク質構造を設計するためのアトムレベルの生成モデル。
• RFdiffusion3NA (RFD3NA): RFD3の拡張版で、核酸構造の設計が可能になります。
• RosettaFold3 (RF3): タンパク質折りたたみに使用される構造予測ニューラルネットワーク。
• ProteinMPNN / LigandMPNN: 特定のタンパク質骨格に対して多様な配列を設計するために使用される軽量な逆折りたたみモデル。

これらのすべてのモデルは、AtomWorks と呼ばれるバイオ分子構造の操作および処理用のフレームワークに依存しており、トレーニングおよび推論データの処理を行います。

対象ユーザー

このプロジェクトは、新しいタンパク質の設計や構造予測が必要な計算生物学およびタンパク質工学の研究者や開発者を対象としています。

特徴

• 統合されたツールキット: 生成設計、構造予測、配列設計を1つのパッケージに統合。
• 広範なハードウェア対応: NVIDIA GPU、Intel XPU、Apple Silicon (MPS) に対応。
• Dockerイメージの提供: インストールと重み管理を容易にする公式Dockerイメージを提供。
• 拡張可能なアーキテクチャ: 開発者が新しいモデルを独立したパッケージとしてシステム内に追加できるように設計されています。