RosettaCommons/foundry

何を解決するか

Foundryは、タンパク質および核酸の設計、折りたたみ、配列最適化のための統合的なインフラを提供します。さまざまなバイオ分子モデルの使用とトレーニングを簡素化し、異なるモデルアーキテクチャおよびその固有の要件を管理する際の障壁を低減します。

仕組み

Foundryは、複数の専門的なモデルを統合するツールレイヤーとして機能し、バイオ分子構造の処理と特徴抽出にはAtomWorksに依存しています。以下の主要なモデルクラスをサポートしています：

• 生成設計: RFdiffusion3 (RFD3) と RFdiffusion3NA (RFD3NA) は、複雑な制約下で全原子タンパク質および核酸構造を生成します。
• 構造予測: RosettaFold3 (RF3) はタンパク質構造を予測し、閉鎖型モデルのオープンソース代替を提供します。
• 逆折りたたみ: ProteinMPNN と LigandMPNN は特定の骨格に対して多様な配列を設計します。
• 最適化: RFOptimization は RF3 の勾配、Boltz-2 予測、MPNN の再設計を組み合わせて配列最適化を実現します。

対象ユーザー

計算生物学およびタンパク質工学の研究者や開発者向けに設計されており、バイオ分子設計の推論やモデルトレーニングを行うための標準化された環境が必要な人を対象としています。

特徴

• 統合されたツールキット: RFD3、RF3、MPNN のバリエーションを1つのフレームワークで管理可能。
• 広範なハードウェア対応: NVIDIA GPU、Intel XPU、Apple Silicon (MPS) に対応。
• 統合エコシステム: 構造の入出力および前処理にAtomWorksと深く統合。
• 柔軟なデプロイ: pip、Dockerイメージ、Google Colabのチュートリアルから利用可能。