ClawBio/ClawBio

何を解決するか

ClawBioは、AIエージェントを使用して複雑なバイオインフォマティクスワークフローを実行するための標準化された方法を提供します。LLMが科学的ガイドラインを誤って生成したり、古くなった手法を使用したりする「確率的（stochastic）」AIコード生成の問題を、バージョン管理され、Peer-review可能な「スキル」のライブラリに置き換えることで解決します。これらのスキルにより、ドメインの専門知識（例：薬物遺伝学ガイドライン）が機械可読な契約として表現され、モデルのトレーニングデータに依存しなくなります。

仕組み

ClawBioは「仕様最優先（specification-first）」アプローチを採用しています。各スキルは、宣言的仕様（SKILL.md）、検証済みのPythonコード、デモデータ、再現性バンドル（シェルコマンドと環境スナップショットを含む）を含む自己完結型のディレクトリです。これにより、AIエージェントは科学的論理を improvisation（即興）せずに分析をオーケストレーションできます。システムはローカル優先であり、デフォルトではデータはユーザーのマシン上で処理され、エージェントに依存しない設計となっており、Claude、ChatGPT、OllamaなどさまざまなLLMと連携可能です。

対象ユーザー

再現性があり、検証可能なAI支援型ゲノム解析が必要でありながら、データプライバシーまたは科学的正確性を損ないたくないバイオインフォマティシャン、遺伝学研究者、臨床医に向けられています。

主な特徴

• 広範なスキルライブラリ：個人薬物遺伝学、集団GWAS照合、臨床バリアント報告、単細胞RNA-seqラッパーをカバーする96のスキルを含む。
• 再現性バンドル：再実行コマンド、環境メタデータ、チェックサムをエクスポートし、元のAIセッションなしで結果を検証可能にします。
• ローカル優先のプライバシー：ゲノムデータをローカルで処理してプライバシーを確保。外部API呼び出しを必要とするスキルは明示的にドキュメント化されています。
• 検証インフラ：真のデータとモックAPIサーバーを備えたベンチマークスイートにより、スキルの正確性を評価（例：遺伝子回収率、F1スコア）。
• Genomebook Sandbox：メンデル遺伝のモデル化や架空キャラクターのプロフィール育成に使える合成遺伝学環境。