GPTomics/bioSkills

bioSkills – 生物情報学のためのAIエージェント「スキル」

何であるか – bioSkills は、大規模言語モデルによるコードエージェント（Claude Code、OpenAI Codex、Google Gemini/Antigravity、OpenCode、OpenClaw）が正しい、自然な生物情報学スクリプトを書けるように教えるための、厳選された「スキル」（コードスニペット、ベストプラクティステンプレート、使用ガイド）のライブラリです。各スキルは具体的なタスクをカバーしており、たとえばFASTAの読み込み、バリアントコールパイプラインの実行、シングルセル差分発現の解析などです。各スキルは推奨ツール、コマンドラインフラグ、および例題コードをバンドルしています。

なぜ重要か – 現代のLLMベースのコードアシスタントはコードを生成できますが、ドメイン固有のニュアンス（ファイル形式、ツールバージョン、統計的慣習）を誤って無視することがあります。bioSkills をエージェントにロードすることで、モデルはコード生成の正確性と再現性を高めるための即時利用可能な知識ベースを獲得します。

主なコンテンツ

• 41のスキルカテゴリ：低レベルの配列I/Oから高レベルのマルチオミクス統合、ケモインフォマティクス、リキッドバイオプシー、ワークフロー管理まで。
• ツールカバレッジ：最も広く使われているPython、R/Bioconductor、CLIユーティリティ（例：Biopython、samtools、DESeq2、Seurat、GATK、AlphaFold、RDKit、Snakemake、Nextflowなど）。
• 例と参考文献 – 各スキルには examples/ フォルダがあり、実行可能なスクリプトと、各コマンドラインオプションの背後にある根拠を説明する usage-guide.md が含まれます。
• 評価 – リポジトリにリンクされたベンチマークレポート（Bio-Task Bench データセット）では、スキルの影響が示されており、パフォーマンスプロットも含まれます。

インストール – リポジトリには各サポートされているLLMプラットフォーム用の軽量ラッパースクリプトが用意されています。たとえば、Claude Codeにグローバルにスキルを導入するには：

git clone https://github.com/GPTomics/bioSkills.git
cd bioSkills
./install-claude.sh          # グローバルインストール
# または特定のプロジェクトにインストール
./install-claude.sh --project /path/to/my/project
# シングルセルとバリアントコールカテゴリのみインストール
./install-claude.sh --categories "single-cell,variant-calling"

同様に install-codex.sh、install-antigravity.sh、install-opencode.sh、install-openclaw.sh スクリプトも存在し、すべて --list、--validate、--update、--dry-run、--uninstall フラグをサポートしています。

使い方 – インストール後、エージェントのスキルディレクトリ（例：~/.claude/skills/ または ~/.agents/skills/）には以下の階層構造が含まれます：

sequence-io/
  read_fasta.py
  write_fastq.py
  usage-guide.md
variant-calling/
  germline_gatk.py
  sv_manta.py
  usage-guide.md
…

LLMに「BAMファイルから体細胞SNPをコールするパイプラインを書く」とプロンプトすると、モデルは germline_gatk.py テンプレートを取得し、パスを適応して、ベストプラクティスフラグ（リードグループ、VQSRなど）を尊重する実行可能なスクリプトを出力できます。Rベースのタスクにも同様に適用可能で、たとえばSeuratによるシングルセルクラスタリングスキルは、適切なQC閾値を含む再現可能なRスクリプトを返します。

依存関係 – READMEには必要なPythonパッケージ、R/Bioconductorライブラリ、およびシステムツール（samtools、bcftools、blast、minimap2など）がリストアップされています。インストールスクリプトはこれらの外部ツールをインストールしません。ユーザーは事前に pip、conda、brew、apt などで満たす必要があります。

状態 – リポジトリはアーカイブ済み（更新なし）ですが、構造は依然として有効です。作者はユーザーにフォークして、自身のドメインに合わせてスキルセットをカスタマイズまたは拡張することを推奨しています。

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TL;DR – bioSkills は、ゲノミクス、プロテオミクス、ケモインフォマティクスの広範なタスクにおいて、正確で再現可能な解析スクリプトを生成できるようにする、包括的で事前パッケージ化された知識ベースです。