steineggerlab/foldseek

解決的問題

Foldseek 是為快速且敏感地比較大型蛋白質結構集而設計的。它解決了在大規模範圍內搜尋與聚類蛋白質結構的挑戰，讓研究人員能在數秒內從 AlphaFoldDB 和 PDB 等大型資料庫中找到相似結構。

作法原理

Foldseek 使用結構對齊方法來比較蛋白質。支援多種對齊模式，包括預設的局部 3Di+AA 對齊、全域 TMalign 和局部 LoLalign。可在 CPU 或 GPU 上運作以加速。獨特功能之一是能使用語言模型（ProstT5）直接從蛋白質序列進行比較，無需依賴預測結構。

適用對象

此工具主要適用於需要執行大規模蛋白質結構搜尋、比對與聚類的結構生物學家與生物資訊學研究人員。

主要特色

• 高效率：支援 GPU 加速，實現更快的搜尋與聚類。
• 多元輸入：可透過語言模型接受蛋白質結構（PDB/mmCIF）或蛋白質序列（FASTA）。
• 全面的搜尋功能：支援單體與多聚體的搜尋與聚類。
• 整合式視覺化：內建名為 StrucTTY 的終端結構檢視器。
• 預建資料庫：提供對 AlphaFoldDB 和 PDB 等預先建置資料庫的便捷存取。