jensengroup/propka

What it solves

PROPKA 可以預測蛋白質及蛋白質-配體複合物中可電離基團的 pKa 值。這對於根據 3D 結構理解蛋白質的化學環境與反應性至關重要。

How it works

它使用經驗法計算方法來預測 pKa 值，並將蛋白質或複合物的 3D 結構納入考量。它提供了一個 Python 模組與一個命令列工具 (propka3)，可以處理 PDB 檔案以生成這些預測結果。

Who it’s for

需要確定蛋白質結構中可電離基團 pKa 值的生物化學、結構生物學及計算化學研究人員。

Highlights

• 支持單獨的蛋白質與蛋白質-配體複合物。
• 可作為 Python 模組或命令列執行檔使用。
• 基於經過同行評審的經驗演算法，對內部與表面殘基進行一致性的處理。