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BioMCP: Biomedical Model Context Protocol

What it solves

BioMCP 提供統一介面，讓使用者能存取與查詢約 30 個受信任的生醫來源（如 PubMed、ClinVar、OncoKB），不必在多種 API、識別碼與搜尋習慣之間切換。它簡化了研究人員與臨床醫師在基因、變異、藥物、疾病與蛋白質等層面蒐集證據的流程。

How it works

它以單一 CLI 執行檔的形式運作，具備一致的指令語法。可作為獨立工具使用，亦可作為 MCP（Model Context Protocol）伺服器，讓 Claude Code、Codex 等 AI 代理直接存取這些生醫工具。系統支援在相關實體之間「pivot」(例如，從基因跳至其相關臨床試驗)，並透過可選擇的章節提供聚焦輸出。

Who it’s for

生醫研究人員、臨床醫師，以及需要以精簡方式從公共生醫資料取得證據導向結果，並在 cBioPortal 風格資料集上執行本地研究分析的 AI 代理開發者。

Highlights

  • Unified Access: 一套語法即可觸及約 30 個來源，包括 PubMed、ClinVar 與 ClinicalTrials.gov。
  • MCP Server Integration: 透過 Model Context Protocol 原生支援 AI 代理。
  • Cross-Entity Pivoting: 可快速在基因、變異、藥物與疾病之間切換，無需重新建構過濾條件。
  • Local Study Analytics: 內建工具可查詢族群、生存率與共現，並產生 SVG/PNG 圖表。
  • Evidence Mapping: 透過引用、參考與推薦，追蹤文獻脈絡。