genomoncology/biomcp

BioMCP – 用於生物醫學證據的統一命令列介面

它是什麼 – BioMCP 是一個單一二進位 CLI（以及一個 MCP Model-Context-Protocol 伺服器），讓您能透過簡潔且一致的指令語法，查詢約 30 個受信任的生物醫學資料來源，包括 PubMed、ClinVar、ClinicalTrials.gov、OncoKB、Reactome 等。同一個二進位檔案可以在本地執行、在 Docker 容器中運行，或作為 HTTP/MCP 伺服器提供給 AI 助理工具（如 Claude Code、Codex 或 Claude Desktop）使用。

為什麼它很重要 – 研究人員和臨床醫生通常必須整合數十個 API，每個 API 都有自己的識別碼和查詢語法。BioMCP 簡化了這種複雜性：透過一個 search、get 或 pivot 指令即可存取對應的上游服務，進行結果去重，並回傳精簡且具備來源資訊的 JSON 或人類可讀的表格。該工具還內建了 skills（預先編寫的逐步工作流程），AI 代理可以自動呼叫這些功能。

核心功能

功能	使用方式	範例
統一文獻搜尋	`search article` (或 `search all`) 會發送請求至 PubTator3、Europe PMC、PubMed 以及選用的 Semantic Scholar，並對 PMID/DOI 進行去重。	`biomcp search article -g BRAF --limit 5`
跨實體轉換	無需重寫篩選條件，即可從基因 → 變異 → 藥物 → 試驗進行跳轉。	`biomcp gene drugs BRAF`
引導式「技能」	一系列預先編寫的調查流程（例如「variant-oncokb」、「disease-trials」）。	`biomcp skill list` → `biomcp skill variant-oncokb`
本地研究分析	下載 cBioPortal 風格的資料集並執行隊列、存活率或共現分析，並在終端機產生 SVG/PNG 圖表。	`biomcp study download msk_impact_2017`
基因集富集分析	g:Profiler 的單行封裝（或針對區段層級富集的 Enrichr）。	`biomcp enrich BRAF,KRAS,NRAS --limit 10`
批次與串流	單一指令最多可執行 10 個 `get` 呼叫；為多個並發工作者提供 HTTP 串流伺服器。	`biomcp batch gene BRAF,KRAS,NRAS --json`
AI 代理整合	公開一個 MCP 伺服器 (`biomcp serve` 或 `serve-http`)，讓 Claude Code、Codex 或 Claude Desktop 可作為工具呼叫。	`codex mcp add biomcp -- biomcp serve`

安裝路徑（擇一）

二進位腳本 – curl -fsSL https://biomcp.org/install.sh | bash
Python 工具 (透過 uv/pip) – uv tool install biomcp-cli (將 biomcp 二進位檔案安裝至 ~/.local/bin)
Homebrew – brew tap genomoncology/biomcp && brew install biomcp
Docker – docker run --rm ghcr.io/genomoncology/biomcp <command>
從原始碼安裝 – make install (執行 Rust nextest 測試與 Python 文件合約檢查)

典型工作流程 (CLI)

# 快速健康檢查
biomcp health --apis-only

# 探索黑色素瘤中 BRAF 的所有資訊
biomcp search all --gene BRAF --disease melanoma --counts-only

# 深入了解路徑與蛋白質表現
biomcp get gene BRAF pathways hpa

# 從 ClinVar 和 gnomAD 提取變異證據
biomcp get variant "BRAF V600E" clinvar population

# 富集基因集
biomcp enrich BRAF,KRAS,NRAS

相同的序列可以作為來自 LLM 助理的 MCP 呼叫，讓模型專注於推理，而由 BioMCP 提供事實證據。

適用對象

生物醫學研究人員：需要在多個資料庫間進行快速、可重現的證據整理。
臨床醫生：希望在不切換多個網頁入口的情況下獲取變異、藥物或試驗資訊。
AI 助理開發者：尋找可從 Claude、Codex 或其他 LLM 代理呼叫的確定性、具備來源資訊的工具。
資料分析師：希望下載公開研究資料集（cBioPortal 風格）並從終端機執行快速隊列視覺化。

限制與注意事項

大多數指令無需 API 金鑰即可運作，但較高的速率限制或特定資料（如 Semantic Scholar TL-DR、OpenFDA、OncoKB）需要設定對應的環境變數。
尊重上游來源的授權 – BioMCP 不會重新發布資料，且部分提供者（KEGG、COSMIC）僅能以唯讀、間接的方式存取。
HTTP MCP 伺服器共享單一處理程序內的速率限制；對於繁重的並行工作負載，建議在 TLS 終止代理後方執行一個共享的 serve-http 端點。
biomcp PyPI 套件不是官方 CLI – 請改為安裝 biomcp-cli。

社群與支援

問題與功能請求 – https://github.com/genomoncology/biomcp/issues
完整文件 – https://biomcp.org/
演示影片 – St. Jude’s 2025 BioHackathon 演講 (README 中的 YouTube 連結)。
引用 – 當在出版品中使用此工具時，請使用提供的 CITATION.cff。

總結

BioMCP 是一個單一二進位、跨來源的生物醫學查詢引擎，具備簡潔一致的 CLI 語法與 MCP 伺服器介面。它讓人類與 LLM 代理能從數十個受信任的資料庫中獲取文獻、變異、藥物、試驗、路徑等資訊，無需重寫查詢即可在實體間轉換，甚至能執行本地研究分析——所有這些都無需學習每個上游 API。