steineggerlab/foldseek

解决的问题

Foldseek 专为快速且灵敏地比较大规模蛋白质结构集而设计。它解决了在大规模范围内搜索和聚类蛋白质结构的挑战，使研究人员能够在数秒内从 AlphaFoldDB 和 PDB 等大型数据库中找到相似结构。

工作原理

Foldseek 使用结构对齐方法来比较蛋白质。它支持多种对齐模式，包括默认的局部 3Di+AA 对齐、全局 TMalign 和局部 LoLalign。它可以在 CPU 或 GPU 上运行以实现加速。一个独特功能是能够使用语言模型（ProstT5）直接从蛋白质序列进行比较，无需依赖预测结构。

适用人群

该工具主要面向需要执行大规模蛋白质结构搜索、比对和聚类的结构生物学家和生物信息学研究人员。

主要亮点

• 高性能：支持 GPU 加速，实现更快的搜索和聚类。
• 多样的输入：可通过语言模型接受蛋白质结构（PDB/mmCIF）或蛋白质序列（FASTA）。
• 全面的搜索功能：支持单体和多聚体的搜索与聚类。
• 集成可视化：包含名为 StrucTTY 的内置终端结构查看器。
• 预构建数据库：提供对 AlphaFoldDB 和 PDB 等预生成数据库的便捷访问。