sokrypton/ColabDesign

解决的问题

通过将一系列工具集成到 Google Colab 中，无需复杂本地安装专业软件，使蛋白质设计对更广泛的受众变得可及。

工作原理

该项目提供了一组基于概率分布实现不同蛋白质设计范式的笔记本：

• 从序列生成结构：使用 TrRosetta（TrDesign）和 AlphaFold（AfDesign）从序列预测结构。
• 从结构生成序列：使用 ProteinMPNN 确定适配特定结构的序列。
• 序列生成：实现 MSA_transformer 和各种 DCA 方法（GREMLIN、mfDCA 等）以生成序列。
• 结构生成：使用 Rfdiffusion 生成新的蛋白质结构。

适用人群

需要设计蛋白质但缺乏高端计算资源或本地设置复杂生物信息学软件专业知识的研究人员和科学家。

特色亮点

• 与 Google Colab 集成，便于访问。
• 支持多种设计方法，包括 AlphaFold 和 RoseTTAFold。
• 支持从序列到结构和从结构到序列的设计。
• 包含 Rfdiffusion 用于结构生成。