scverse/scanpy

解决的问题

Scanpy 提供了一种可扩展的方式来分析单细胞基因表达数据，使研究人员能够处理和理解超过一百万个细胞的复杂生物数据集。

工作原理

与 anndata 联合开发，该工具包实现了基于 Python 的生物数据分析流水线。它能够高效处理大规模数据集，并提供对 dask 的实验性支持，以处理超出系统内存的数据集。

适用人群

专为需要进行预处理、聚类和轨迹推断的单细胞组学数据研究人员和科学家设计。

主要亮点

• 支持超过一百万个细胞的数据集的可扩展处理。
• 包含预处理、可视化、聚类、轨迹推断和差异表达检测的完整分析套件。
• 与 anndata 格式集成，用于数据处理。
• 对 dask 提供实验性支持，以处理内存不足的数据集。