scverse/pertpy

解决的问题

Pertpy 提供了一个标准化框架，用于分析大规模单细胞扰动实验。它通过提供协调数据集和自动化元数据注释的工具，解决了理解细胞如何对各种刺激（如药物治疗、基因修饰和环境变化）做出反应的复杂性问题。

运作方式

该函数库提供了一个用于扰动分析的端到端流程，包括计算扰动距离和分析细胞反应的工具。它整合了多种专业工具和求解器，并为 scCODA、CINEMA-OT 和 scGen 等进阶模型提供可选的 JAX 后端组件，以及用于差异基因表达和 tascCODA 的专用接口。

目标用户

专为研究生物扰动效应的单细胞数据研究人员和生物信息学家所设计。

特色亮点

• 端到端框架：涵盖从数据协调到反应分析的整个过程。
• 多样化刺激支持：分析对基因、化学和环境变化的反应。
• 自动化注释：简化标记和组织扰动元数据的过程。
• 可扩展生态系统：作为 scverse 项目的一部分，确保与其他单细胞分析工具的兼容性。