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解决的问题

OmicVerse 是一个统一的 Python 框架，旨在弥合批量 RNA-seq、单细胞和空间转录组学之间的差距。它提供了一个全面的多组学分析生态系统，整合了多种下游可视化、基于模型的分析和 AI 辅助工作流工具，以深化生物学洞察。

如何工作

该项目被设计为一个广泛的分析平台，而非单一方法。它利用 pandas、anndata、numpy 和 mudata 等核心数据结构来构建其基础设施。平台分为多个专业模块：

• 核心分析：整合了大量已发表的转录组学工具（例如 Scanpy、scVI、Geneformer）。
• J.A.R.V.I.S.：一个 AI 辅助工作流系统，包含 ov.Agent 以直接与分析工具交互，一个 MCP（模型上下文协议）服务器用于向 AI 助手（如 Claude Code）暴露工具，以及一个基于 Telegram 的聊天系统。
• ov.synbio：用于基因组规模代谢建模、蛋白质/酶设计（使用 ESMFold、ProteinMPNN）和 DNA 设计的合成生物学堆栈。
• ov.mol：一个分子动力学堆栈，将对接（AutoDock Vina）与 GPU 加速分子动力学（OpenMM）串联，用于计算结合自由能。

适用人群

适用于需要统一工具集进行多组学数据分析和 AI 集成生物学研究的生物信息学家、计算生物学家，以及合成生物学和分子动力学领域的研究人员。

主要亮点

• 统一多组学：在一个包中整合批量、单细胞和空间 RNA-seq 分析。
• AI 辅助工作流：具备代理系统（J.A.R.V.I.S.）和 MCP 服务器，支持 AI 驱动的分析。
• AI 驱动的蛋白质设计：包含通过 ESMFold 和 ProteinMPNN 实现的结构预测和逆向设计工具。
• 集成分子动力学：支持从 3D 结构到 GPU 基础分子动力学模拟的完整流程。