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BioMCP: Biomedical Model Context Protocol

What it solves

BioMCP 提供统一接口，能够访问和查询约 30 个可信的生物医学来源（如 PubMed、ClinVar、OncoKB），无需在多个不同的 API、标识符和搜索习惯之间切换。它简化了研究人员和临床医生在基因、变异、药物、疾病和蛋白质等方面收集证据的过程。

How it works

它作为单一 CLI 可执行文件运行，拥有一致的指令语法。既可作为独立工具使用，也可作为 MCP（Model Context Protocol）服务器，让 Claude Code、Codex 等 AI 代理直接访问这些生物医学工具。系统支持在相关实体之间“pivot”（例如，从基因跳转到其关联的临床试验），并通过可选章节提供聚焦输出。

Who it’s for

生物医学研究人员、临床医生以及需要以简化方式从公共生物医学数据检索证据导向结果，并在 cBioPortal 风格数据集上进行本地研究分析的 AI 代理开发者。

Highlights

  • Unified Access: 一套语法即可访问约 30 个来源，包括 PubMed、ClinVar 和 ClinicalTrials.gov。
  • MCP Server Integration: 通过 Model Context Protocol 原生支持 AI 代理。
  • Cross-Entity Pivoting: 可快速在基因、变异、药物和疾病之间切换，无需重新构建过滤条件。
  • Local Study Analytics: 内置工具用于查询队列、生存率和共现，并生成 SVG/PNG 图表。
  • Evidence Mapping: 通过引用、参考和推荐，追踪文献路径。