genomoncology/biomcp

BioMCP – 用于生物医学证据的统一命令行接口

它是什么 – BioMCP 是一个单一二进制 CLI（以及一个 MCP Model-Context-Protocol 服务器），让您能通过简洁且一致的指令语法，查询约 30 个受信任的生物医学数据来源，包括 PubMed、ClinVar、ClinicalTrials.gov、OncoKB、Reactome 等。同一个二进制文件可以在本地执行、在 Docker 容器中运行，或作为 HTTP/MCP 服务器提供给 AI 助理工具（如 Claude Code、Codex 或 Claude Desktop）使用。

为什么它很重要 – 研究人员和临床医生通常必须整合数十个 API，每个 API 都有自己的标识符和查询语法。BioMCP 简化了这种复杂性：通过一个 search、get 或 pivot 指令即可访问对应的上游服务，进行结果去重，并返回精简且具备来源信息的 JSON 或人类可读的表格。该工具还内置了 skills（预先编写的逐步工作流程），AI 代理可以自动调用这些功能。

核心功能

功能	使用方式	示例
统一文献搜索	`search article` (或 `search all`) 会发送请求至 PubTator3、Europe PMC、PubMed 以及选用的 Semantic Scholar，并对 PMID/DOI 进行去重。	`biomcp search article -g BRAF --limit 5`
跨实体转换	无需重写筛选条件，即可从基因 → 变异 → 药物 → 试验进行跳转。	`biomcp gene drugs BRAF`
引导式“技能”	一系列预先编写的调查流程（例如“variant-oncokb”、“disease-trials”）。	`biomcp skill list` → `biomcp skill variant-oncokb`
本地研究分析	下载 cBioPortal 风格的数据集并执行队列、存活率或共现分析，并在终端机产生 SVG/PNG 图表。	`biomcp study download msk_impact_2017`
基因集富集分析	g:Profiler 的单行封装（或针对区段层级富集的 Enrichr）。	`biomcp enrich BRAF,KRAS,NRAS --limit 10`
批次与串流	单一指令最多可执行 10 个 `get` 调用；为多个并发工作者提供 HTTP 串流服务器。	`biomcp batch gene BRAF,KRAS,NRAS --json`
AI 代理集成	公开一个 MCP 服务器 (`biomcp serve` 或 `serve-http`)，让 Claude Code、Codex 或 Claude Desktop 可作为工具调用。	`codex mcp add biomcp -- biomcp serve`

安装路径（择一）

二进制脚本 – curl -fsSL https://biomcp.org/install.sh | bash
Python 工具 (通过 uv/pip) – uv tool install biomcp-cli (将 biomcp 二进制文件安装至 ~/.local/bin)
Homebrew – brew tap genomoncology/biomcp && brew install biomcp
Docker – docker run --rm ghcr.io/genomoncology/biomcp <command>
从源代码安装 – make install (执行 Rust nextest 测试与 Python 文档合约检查)

典型工作流程 (CLI)

# 快速健康检查
biomcp health --apis-only

# 探索黑色素瘤中 BRAF 的所有信息
biomcp search all --gene BRAF --disease melanoma --counts-only

# 深入了解路径与蛋白质表现
biomcp get gene BRAF pathways hpa

# 从 ClinVar 和 gnomAD 提取变异证据
biomcp get variant "BRAF V600E" clinvar population

# 富集基因集
biomcp enrich BRAF,KRAS,NRAS

相同的序列可以作为来自 LLM 助理的 MCP 调用，让模型专注于推理，而由 BioMCP 提供事实证据。

适用对象

生物医学研究人员：需要在多个数据库间进行快速、可重现的证据整理。
临床医生：希望在不切换多个网页入口的情况下获取变异、药物或试验信息。
AI 助理开发者：寻找可从 Claude、Codex 或其他 LLM 代理调用的确定性、具备来源信息的工具。
数据分析师：希望下载公开研究数据集（cBioPortal 风格）并从终端机执行快速队列可视化。

限制与注意事项

大多数指令无需 API 密钥即可运作，但较高的速率限制或特定数据（如 Semantic Scholar TL-DR、OpenFDA、OncoKB）需要设置对应的环境变量。
尊重上游来源的授权 – BioMCP 不会重新发布数据，且部分提供者（KEGG、COSMIC）仅能以只读、间接的方式访问。
HTTP MCP 服务器共享单一处理程序内的速率限制；对于繁重的并行工作负载，建议在 TLS 终止代理后方执行一个共享的 serve-http 端点。
biomcp PyPI 套件不是官方 CLI – 请改为安装 biomcp-cli。

社区与支持

问题与功能请求 – https://github.com/genomoncology/biomcp/issues
完整文档 – https://biomcp.org/
演示视频 – St. Jude’s 2025 BioHackathon 演讲 (README 中的 YouTube 链接)。
引用 – 当在出版品中使用此工具时，请使用提供的 CITATION.cff。

总结

BioMCP 是一个单一二进制、跨来源的生物医学查询引擎，具备简洁一致的 CLI 语法与 MCP 服务器接口。它让人类与 LLM 代理能从数十个受信任的数据库中获取文献、变异、药物、试验、路径等信息，无需重写查询即可在实体间转换，甚至能执行本地研究分析——所有这些都无需学习每个上游 API。