maabuu/posebusters
Plausibility checks for generated molecule poses.
解决的问题
PoseBusters 提供了一种验证生成分子构象(如由基于 AI 的对接方法生成的构象)是否物理上合理的方法。它解决了 AI 模型可能生成看似正确但物理上无效的构象的问题,从而无法推广到新序列。
工作原理
该工具对以 SDF 格式提供的分子构象执行合理性检查。它可以评估单个分子,将预测的构象与真实晶体结构进行比较,或检查为特定蛋白质(PDB 格式)生成的配体。
适用人群
需要验证配体预测三维结构的计算化学家和从事分子对接及基于 AI 的药物发现的研究人员。
主要亮点
- 生成分子构象的合理性检查。
- 支持单个分子、蛋白质-配体复合物以及重新对接的配体检查。
- 基于 CSV 文件的命令行界面,支持批量处理。
- 基于发表在 Chemical Science 上的研究。
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