sokrypton/ColabDesign

해결하는 문제

전문 소프트웨어의 복잡한 로컬 설치가 필요 없이, Google Colab에 통합된 도구 모음으로 더 넓은 대상에게 단백질 설계를 가능하게 합니다.

작동 방식

이 프로젝트는 확률 분포 기반의 다양한 단백질 설계 패러다임을 구현한 노트북 세트를 제공합니다:

• 서열에서 구조로: TrRosetta(TrDesign)와 AlphaFold(AfDesign)를 사용하여 서열에서 구조를 예측합니다.
• 구조에서 서열로: ProteinMPNN를 사용하여 특정 구조에 적합한 서열을 결정합니다.
• 서열 생성: MSA_transformer 및 다양한 DCA 방법(GREMLIN, mfDCA 등)을 구현하여 서열을 생성합니다.
• 구조 생성: Rfdiffusion을 사용하여 새로운 단백질 구조를 생성합니다.

대상 사용자

고성능 컴퓨팅 자원이나 복잡한 생물정보학 소프트웨어를 로컬에서 설정하는 데 필요한 전문 지식이 부족하지만, 단백질 설계가 필요한 연구자 및 과학자입니다.

주요 특징

• Google Colab와의 통합으로 간편한 접근성 제공.
• AlphaFold 및 RoseTTAFold를 포함한 다양한 설계 방법 지원.
• 서열에서 구조, 구조에서 서열로의 설계 지원.
• 구조 생성을 위한 Rfdiffusion 포함.