scverse/scanpy

해결하는 문제

Scanpy는 100만 개 이상의 세포를 포함하는 복잡한 생물학적 데이터셋을 처리하고 이해할 수 있도록 스케일링 가능한 단세포 유전자 발현 데이터 분석 방법을 제공합니다.

작동 방식

anndata와 공동 개발된 이 툴킷은 생물학적 데이터 분석을 위한 파이썬 기반 파이프라인을 구현합니다. 대규모 데이터셋을 효율적으로 처리하며, 시스템 메모리에 맞지 않는 데이터셋을 처리하기 위해 dask와의 실험적 호환성을 제공합니다.

대상 사용자

단세포 오믹스 데이터를 다루며 전처리, 클러스터링, 경로 추론을 필요로 하는 과학자 및 연구자에게 적합합니다.

주요 특징

• 100만 개 이상의 세포를 포함하는 데이터셋에 대한 확장 가능한 처리 기능.
• 전처리, 시각화, 클러스터링, 경로 추론, 차이 발현 검정을 포함하는 포괄적인 분석 세트.
• 데이터 처리를 위한 anndata 형식과의 통합.
• 메모리 초과 데이터셋을 처리하기 위한 dask에 대한 실험적 지원.