scverse/pertpy
Single-cell perturbation analysis
해결하는 문제
대규모 단일 세포 교란 실험의 분석을 간소화하여 연구자가 약물 치료, 유전자 변형 및 환경 변화와 같은 다양한 자극에 세포가 어떻게 반응하는지 이해할 수 있도록 합니다.
작동 방식
다음을 위한 도구를 포함하는 엔드투엔드 프레임워크를 제공합니다:
- 교란 데이터셋 조화.
- 메타데이터 주석 자동화.
- 다양한 자극 간의 유사성을 측정하기 위한 교란 거리 계산.
- 차등 유전자 발현 분석 수행.
대상 독자
세포 교란의 효과를 연구하기 위해 단일 세포 데이터를 다루는 생물학자 및 데이터 과학자.
하이라이트
- scverse 생태계의 일부.
- pydeseq2 및 edgeR을 포함한 차등 유전자 발현을 위한 여러 솔버 지원.
- 고급 분석을 위해 tascCODA 및 milo와 통합.
관련
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